An der BBS II Emden wird der Sportunterricht seit 1970 erteilt. Anfangs wurden die Turnhallen der umliegenden Schulen genutzt. Seit der Einweihung des Neubaus im Jahr 1984 steht der Schule eine Fünffachturnhalle zur Verfügung. In der multifunktionalen Sporthalle können gleichzeitig fünf unterschiedliche Sportgruppen unterricht werden. Die Sporthalle wird außerhalb der Unterrichtszeit für überregionale sportliche Wettkampfereignisse genutzt. Die zahlreichen Zuschauer haben die Möglichkeit, auf Tribünen den Wettkämpfen beizuwohnen.

Im Bundesausscheid „Jugend trainiert für Olympia“ wurde die BBS II Emden 1984 in Berlin Bundessieger im Doppelvierer mit Steuermann beim Rudern. Die Schüler Dirk Noosten, Christoph Leeker, Jörg Thurow, Tom Telschow und Steuermann Holger Zorn holten diesen Sieg zusammen mit ihrem Trainer Werner („Atze“) Telschow.

Ein weiterer Höhepunkt ist das alljährlich stattfindende Drachenbootrennen. Schüler und Lehrer sitzen gemeinsam in einem Boot und nehmen seit 2002 erfolgreich an diesem Rennen teil.
Traditionell wird jedes Jahr das Weihnachts-Fußballturnier aller BGJ- und BVJ-Klassen in rassigen und spannenden Spielen in der Sporthalle ausgetragen. Das Bild zeigt die letzten erfolgreichen Turniersieger im Jahr 2008 aus der Klasse BGM1.